প্রতিষ্ঠার সময় এর অবস্থান, সাংগঠনিক কাঠামো, সরকারের সঙ্গে সম্পর্ক, পরিচালনা বোর্ডের বিন্যাস, স্বাধীন প্রাতিষ্ঠানিক সত্তা ও মর্যাদা ইত্যাদি নির্ণীত হয়নি। শুরু থেকেই পিআইবি ১৪ সদস্য বিশিষ্ট একটি বোর্ড দ্বারা পরিচালিত হচ্ছে। সংবাদপত্র পরিষদ, সম্পাদক সমিতি, সাংবাদিক ইউনিয়ন, সংশ্লিষ্ট মন্ত্রণালয়ের প্রতিনিধিবৃন্দ ও দেশের বিশিষ্ট ব্যক্তিদের সমন্বয়ে ১৪ সদস্যবিশিষ্ট এই বোর্ড গঠিত হয়। সরকার মনোনীত প্রখ্যাত সাংবাদিক অথবা শিক্ষাবিদদের মধ্য থেকে একজন চেয়ারম্যান প্রতি দুই বছরের জন্য এই বোর্ডের প্রধান হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ইনস্টিটিউটের মহাপরিচালক পদাধিকারবলে এই পরিচালনা বোর্ডের সদস্য-সচিব।

পিআইবি কার্যবিধিমালা অনুযায়ী বাংলাদেশ প্রেস ইনস্টিটিউট-এর কার্যাবলী সুষ্ঠুভাবে সম্পাদনের নিমিত্ত পিআইবি পরিচালনা বোর্ডের সদস্যদের সমন্বয়ে নিম্নলিখিত নির্বাহী/পরামর্শক কমিটি গঠন করে থাকে।

নির্বাহী/পরামর্শক কমিটিগুলো নিম্নরূপ

(ক) সিলেকশন কমিটি        

(খ) অর্থ-উপদেষ্টা কমিটি      

(গ) প্রশিক্ষণ ও গবেষণা বিষয়ক কমিটি

(ঘ) নিরীক্ষা ও প্রকাশনা সম্পাদকীয় কমিটি

(ঙ) প্রভিডেন্ট ফান্ড ট্রাস্টি বোর্ড

(চ) কল্যাণ তহবিল ট্রাস্টি বোর্ড